Фамилия Шикшеева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она тюркская по корню, а её русская форма — результат адаптации через суффикс притяжательности.

Основа «Шикш» (или «Шикше») восходит к тюркскому прозвищу или имени. В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) слово «шикш» или близкое к нему «чикш» может означать «острый», «колкий», «пронзительный». В переносном смысле — человек с острым языком, насмешник или, наоборот, тот, кто «пробивает» себе дорогу. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «шикше» — это название птицы (возможно, синицы или чечевицы), а прозвища по птицам были обычным делом у кочевых народов.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Шикш(ев)» добавили суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Шикшеев). Окончание «-а» — женский вариант фамилии. Мужской вариант — Шикшеев. Такое окончание типично для фамилий, возникших в среде, где русский язык смешивался с тюркскими наречиями, — в Поволжье, на Урале или в Сибири.

Географически фамилия Шикшеева встречается в основном среди татар и башкир, а также у русских, долго живших в контакте с ними. В дореволюционных записях она могла писаться иначе: Шикшеев, Шекшеев, Шикшиев — из-за неустойчивости тюркских гласных на слух.

Сословно предки Шикшеевых, скорее всего, были крестьянами или казаками. Если фамилия тюркская, то её носители могли быть из служилых татар (так называемых «мурз»), которые после присоединения Казанского ханства переходили на русскую службу и получали землю. Однако документальных подтверждений этому по фамилии Шикшеева нет — это лишь реконструкция по модели.

Коротко: Шикшеева — фамилия тюркского корня, скорее всего, от прозвища «острый» или «птица», оформленная русским патронимическим суффиксом. Распространена в регионах с тюркским населением. Точной даты возникновения и списка известных носителей нет — фамилия редкая, не попавшая в крупные справочники.