Фамилия Шильцын — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным ремеслом, но с неожиданным поворотом. Разберём её по косточкам.

Корень здесь — «шильц-», что сразу отсылает к слову «шило». Казалось бы, всё просто: предок мог быть сапожником или портным — любым мастером, чей главный инструмент — шило. Однако в русских говорах слово «шилец» (или «шильцо») имело и переносное, пренебрежительное значение: так называли пронырливого, хитрого человека, «вострого», который везде пролезет. Поэтому фамилия могла возникнуть и как прозвище по характеру, а не по профессии.

Суффикс «-ын» — притяжательный, типичный для русских фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а или согласный (сравните: Ильин, Пушкин). В данном случае он присоединён к основе «Шилец» (в диалектном произношении «Шильц»). Таким образом, Шильцын буквально означает «чей?» — «сын Шильца» или «человек из рода Шильца».

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где были сильны ремесленные традиции и где диалектная форма «шильцо» вместо литературного «шило» была в ходу. Встречаются также варианты написания — Шильцов (с более распространённым суффиксом -ов) и Шильцев (с южнорусским окончанием). Шильцын — самый редкий и архаичный вариант, сохранивший старую модель образования.

Важно не путать её с фамилией Шильцев, которая может быть образована от топонима (например, село Шильцево) — в случае Шильцына связь с личным прозвищем или профессией гораздо надёжнее. Никаких дворянских корней у этой фамилии нет — она из крестьянской и ремесленной среды, что подтверждается её «инструментальной» основой.