Фамилия Шимоенкова — редкий пример, где на стыке белорусского и русского словообразования возникла форма с двойным суффиксом. В основе лежит имя или прозвище Шима (Шимо), которое является производной формой от канонического имени Симеон (в народной огласовке Семён, а в западных говорах — Шимон). Суффикс -енк- типичен для украинских и южнобелорусских фамилий и означает «маленький» или «потомок»: Шимоенко — сын или внук Шимы. А окончание -а в женском варианте Шимоенкова указывает, что фамилия закрепилась в русской грамматической традиции: так стали записывать жену или дочь Шимоенко.

Интересна география. Фамилия с корнем Шим- и суффиксом -енк- почти не встречается в центральной России, но относительно заметна в Смоленской, Брянской областях и на востоке Беларуси — на территории бывшего Великого княжества Литовского. Там имя Шимон (польская и западнорусская форма от Симеона) было распространено шире, чем в московских землях. Таким образом, предки носительницы фамилии с высокой вероятностью жили в зоне белорусско-русского пограничья.

Словообразовательная модель здесь необычна. Обычно фамилии на -енко (Петренко, Иваненко) не получают дополнительного суффикса -ов-, но в русской канцелярской практике XIX века женские варианты часто образовывали именно так: Шимоенко → жена Шимоенкова. Мужской вариант фамилии — Шимоенков — встречается реже, но тоже возможен, если фамилию «обрусели» через добавление -ов к основе.

По социальному происхождению Шимоенковы — скорее всего, крестьянский или мещанский род. Фамилии на -енко в этой местности носили в основном люди, не принадлежавшие к дворянству. Значение прозвища Шима могло быть двойным: либо просторечная форма имени, либо прозвище от диалектного «шимать» (медлить, мешкать) — но это предположение менее надёжно, так как глагол редок и локально ограничен.

Если искать однокоренные фамилии, то это Шимонов, Шиманов, Шимченко, Шимко. Шимоенкова стоит особняком: она сохранила и уменьшительный суффикс, и региональный оттенок, который сразу выдает западнорусские корни рода.