Фамилия Шипек — яркий пример того, как географическое происхождение может быть зашифровано в самом окончании. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, окончание -ек указывает на западнославянские корни, скорее всего, польские или чешские. В польском языке суффикс -ек является уменьшительным, и фамилия Шипек образована от прозвища или имени Шип (Szyп) — то есть «маленький Шип» или «сын Шипа». Само слово «шип» в славянских языках имело то же значение, что и сегодня: колючка, острый выступ. Прозвище Шип могли дать человеку с колким характером, острым на язык, либо высокому и худому, как шип.

Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с чешским словом šípek — «шиповник». В этом случае Шипек — это прозвище сборщика или продавца ягод шиповника, либо человека, жившего в зарослях этого кустарника. Однако первая версия, от прозвища по характеру, выглядит более правдоподобной, так как «растительные» фамилии в этой модели встречаются реже.

В русском контексте фамилия Шипек — относительно редкая и явно нерусская по происхождению. Она могла появиться в результате миграции поляков или чехов в Российскую империю, особенно в западные губернии, или через белорусское и украинское посредничество, где окончание -ек тоже встречается. Встречается также вариант написания Шиппек, но он еще более редок.

С точки зрения словообразования фамилия Шипек не имеет типичного русского суффикса принадлежности (чей сын?), а представляет собой застывшее прозвище в уменьшительной форме. Это сближает её с такими фамилиями, как Козак, Сопель или Гурак, которые тоже несут в себе прямое прозвище, а не отчество. Носители фамилии Шипек, скорее всего, происходят из среды крестьян или мещан, где прозвища закреплялись за родом без сословной привязки.