Фамилия Шипер — одна из тех, где сразу видна профессиональная основа. В её сердцевине лежит немецкое слово Schiffer, то есть «шкипер» — капитан небольшого судна или человек, управляющий кораблём. В русский язык это слово попало через морскую и речную практику, и в старых документах его писали по-разному: шкипер, шхипер, шипер. Фамилия, скорее всего, закрепилась за теми, кто служил на воде или имел отношение к судоходству.

Но есть и другая, менее очевидная версия. В юго-западных землях бывшей Речи Посполитой, особенно на территории современной Беларуси и Украины, слово «шипер» могло быть диалектным вариантом глагола «шипать» или «щипать». В таком случае прозвище Шипер давали либо человеку с цепкими пальцами — скряге, либо тому, кто занимался щипанием пеньки или льна, то есть был работником на мануфактуре. Эта версия правдоподобна для регионов, куда немецкое влияние в виде морских терминов почти не доходило.

Фамилия образована без суффикса, по чистой основе, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии без изменений. В польской традиции такие фамилии на -er (как Шипер, Шустер, Фишер) особенно часты, поэтому с большой вероятностью предки носителя фамилии жили на территории, входившей в состав Польского королевства или Великого княжества Литовского. В современной России фамилия редкая, встречается спорадически, чаще всего в западных областях и в Сибири, куда переселенцы привезли её с собой.

Примечательно, что в отличие от фамилий, образованных от «шкипер» с помощью русских суффиксов (Шкиперов, Шиперов), форма Шипер сохранила первоначальный вид прозвища. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде, где письменная фиксация шла по живому произношению, без канцелярской русификации окончаний.