Фамилия Шиперко звучит на украинский или белорусский лад, и по своей модели — одна из тех, что указывают на происхождение от прозвища, а не от имени в святцах. Характерный суффикс -ко в восточнославянских фамилиях (особенно распространённый на территории современной Украины и юга Беларуси) выполняет роль уменьшительности или, чаще, указывает на сына или ученика: Шиперко — буквально «маленький Шипер» или «сын Шипера». Основа здесь, скорее всего, не от слова «шип» (хотя и такая версия возможна), а от профессионального прозвища.

Самый прямой путь — связать фамилию с немецким словом Schiffer, что значит «шкипер», то есть капитан или владелец небольшого судна. В польском и украинском языках это слово прижилось в форме «шипер» — так называли кормчего, лоцмана или просто человека, управляющего речным судном. Учитывая, что через Польшу и Украину проходили крупные речные пути (Днепр, Днестр, Висла), прозвище Шипер мог получить человек, связанный с речным транспортом. Суффикс -ко закрепил за ним потомков: Шиперенко, Шиперук, Шиперко — все они восходят к одному корню.

Менее вероятная, но тоже существующая версия — от немецкой фамилии Schipper (через еврейские или меннонитские переселения), которая в украинской среде могла переделаться в Шипер. В таком случае фамилия указывает на этнические корни предка, а не на его профессию. Однако для славянского прозвища «шипер» (от «шипеть» или «шипать») нет убедительных параллелей — скорее всего, это позднее переосмысление уже готовой фамилии.

Географически фамилия Шиперко встречается в основном в западных и центральных областях Украины (Волынь, Житомирщина, Киевщина), а также в приграничных районах Беларуси. В России она редка, и если появляется, то почти всегда у выходцев с Украины. Сословного барьера у таких фамилий не было: «шипер» — не аристократическое занятие, но и не крепостное; это ремесло свободного человека, чаще мещанина или казака.

Таким образом, если ваши предки носили фамилию Шиперко, они почти наверняка были выходцами с украинских земель, а их родоначальник мог быть речником, лоцманом или капитаном небольшого судна. Фамилия — не из самых древних (в документах XVI–XVII веков почти не встречается), но зато прозрачная по смыслу и не потерявшая связи с реальным занятием.