Фамилия Шипеева образована от прозвища Шипей. С одной стороны, в старину Шипеем называли человека с нечеткой речью, шипящим произношением, или тихим голосом. Однако это прозвище могло пристать и к человеку язвительному (от нарицательного «шип» – «колючка»). Однокоренные прозвища известны с XV века: так, в Новгородских писцовых книгах записаны крестьяне Филка Шипуля - 1495 г., Тимошка Шипиля - 1539 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шипей, со временем получил фамилию Шипеева.