Фамилия Шипихина — женская форма фамилии Шипихин, а та, в свою очередь, относится к сравнительно редкому типу русских фамилий с суффиксом -их(ин). Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Шипих-». В русских говорах «шипиха» — это либо колючее растение, шиповник, либо, в переносном смысле, колючая, сварливая женщина (от слова «шипеть»). Прозвище Шипиха могли дать человеку с острым языком или неуживчивым характером, а также тому, кто жил у зарослей шиповника или занимался его сбором.

Суффикс -их- в основе указывает на принадлежность: в древнерусской традиции так образовывали прозвища жён или вдов по мужу (например, «Иваниха» — жена Ивана). Однако в случае с фамилией Шипихин, скорее всего, фиксируется не «жена Шипихи», а прозвище главы семьи, которое уже потом, через суффикс -ин, превратилось в фамилию потомков: «чей? — Шипихин». То есть родоначальника звали Шипиха, и это было его личное прозвище, а не указание на замужество.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — Вологодской, Архангельской, Костромской областям, где суффикс -их- в фамилиях встречается чаще, чем на юге. Встречаются также варианты написания с одной «п» (Шипихин) или с ударением на второй слог (Шипи́хин), но основной вариант — с ударением на первый слог, что созвучно слову «шип».

В сословном отношении фамилия не аристократическая: Шипихины — это, как правило, крестьяне или мещане, выходцы из сельской среды, где прозвища по растениям и чертам характера были обычным делом. Родственных фамилий (Шипов, Шипулин, Шипков) много, но Шипихин стоит особняком из-за своего редкого суффиксального оформления, что делает его хорошим маркером для генеалогического поиска именно в северных уездах.