Фамилия Шипин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. В данном случае основой стало прозвище или нецерковное имя Шипа. Это имя могло быть связано с растением (шиповник, колючка) или с характером человека — колкого, язвительного, «шипастого» на язык. Такие прозвища в Древней Руси давали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику, которая затем закреплялась за потомками.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от профессионального прозвища. В некоторых говорах «шипой» называли того, кто занимался изготовлением или установкой шипов — например, в кузнечном деле или для крепления деталей телег, саней. Однако эта гипотеза слабее, так как для ремесленных прозвищ чаще использовали суффиксы -ник, -арь.

Фамилия Шипин не относится к числу широко распространённых, но встречается в разных регионах России, особенно на севере и в центральных областях. В архивных документах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким именованием, что указывает на недворянское, простонародное происхождение. Среди однокоренных фамилий — Шипов, Шипков, Шипкин, но Шипин выделяется именно архаичной формой на -ин, что говорит о раннем закреплении прозвища.

В написании фамилии стоит обратить внимание на двойную «п»: в корне «шип» одна буква, а вторая появляется только при склонении (Шипин, Шипина). Ошибки вроде «Шипинн» или «Шипен» встречаются, но исторически корректно именно с одной «п» в основе.