Фамилия Шипуков — это отчество от прозвища, в основе которого лежит слово «шип». Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Шипука». Прозвище Шипук, в свою очередь, могло означать человека с характером «колючего», язвительного или же того, кто занимался изготовлением шипов — деталей для телег, саней или деревянных конструкций. В народной речи «шипом» называли также репейник, цепкий сорняк, поэтому прозвище могло относиться к навязчивому или упрямому человеку.

Вторая версия связывает фамилию с глаголом «шипеть». Шипуком в диалектах могли называть человека с сиплым голосом, ворчливого или того, кто постоянно выражал недовольство. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование, поскольку звукоподражательные прозвища в русской ономастике встречаются часто.

Географически фамилия Шипуков тяготеет к северным и центральным областям России. В архивных записях XVII–XVIII веков она встречается на территории Вологодчины, Костромской и Вятской губерний — регионах, где активно развивалось плотницкое и тележное ремесло. В этих краях слово «шип» было хорошо знакомо каждому мастеру, и прозвище Шипук могло закрепиться за цеховым работником или за его потомками.

От той же основы образованы фамилии Шипов, Шипачев, Шипулин. Разница в суффиксах указывает на разные модели словообразования: если Шипов — прямое отчество от «Шип», то Шипуков — от ласкательной или уничижительной формы Шипук. Это нередкий случай, когда одна и та же корневая группа дала несколько фамилий, не связанных между собой кровно.

Сословная принадлежность Шипуковых в основном крестьянская. Встречаются среди них и посадские люди, и однодворцы, но дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. Это типичная «ремесленная» фамилия, которая несёт память о занятии или характере предка, а не о знатности.