Фамилия Шишенко образована от прозвища Шишка, которое указывает не только на род занятий (собирание шишек) или физические недостатки (наросты на теле). Не исключено, что «шишка, шишко, шиш, шишига» - это обозначение нечистой силы (чертей, бесов, домовых). В этом смысле фамилия произошла от так называемого «охранительного», магического имени Шишка, которое приравнивалось к прозвищу. Изначально это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ов/-ев, -ин,- енко, указывающие на прозвище главы семейства. В результате, потомки человека, обладающего прозвищем Шишка, со временем получили фамилию Шишенко.