Фамилия Шишимарина — женская форма от Шишимарин, и её происхождение связано с прозвищем, а не с крестильным именем. Основа «шиш» в русских говорах многозначна: это и заострённый предмет, и шишка, и плут, и даже чёрт. В северных и сибирских диалектах «шишом» называли бродягу или мелкого вора, а в некоторых местах — лешего. Слово «шишимора» (или «шишимара») означало нечистую силу, кикимору — злого духа, который путает и вредит.

Скорее всего, прозвище Шишимара дали человеку со сложным, вздорным характером или тому, кто вёл беспокойный образ жизни — бродяжничал, прятался, промышлял разбоем. В древнерусской ономастике такие прозвища не считались оскорбительными: они фиксировали внешнюю или поведенческую черту, которая отличала человека. Со временем прозвище перешло в фамилию через патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Шишимарин, то есть сын или потомок Шишимары.

Фамилия редкая, с яркой диалектной окраской. Её ареал, вероятно, связан с северными и уральскими территориями, где слово «шишимора» было в ходу. В письменных источниках фамилия встречается нечасто, что говорит о локальном бытовании. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от мирских имён вроде Шиш или Шишка, суффикс -ин здесь подчёркивает, что прозвище было личным, а не родовым.

В современном русском языке фамилия Шишимарина сохраняет оттенок архаичности. Её носители — потомки людей, которых в старину называли по одной резкой черте: или по сходству с мифическим существом, или по образу жизни, который общество не одобряло. Никакой мистики в этом нет — просто память о том, как на Руси давали меткие и не всегда лестные прозвища.