Фамилия Шишимарин — одна из тех, чья форма сразу бросается в глаза. Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Шишимарин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шишимара. В основе лежит прозвище, которое звучит необычно даже для русского уха, и его разбор — главная загадка фамилии.

Самая вероятная версия связывает прозвище Шишимара с диалектным словом «шиш». В русских говорах «шиш» — не только острый предмет, но и название вора, разбойника, бродяги, а также беса или нечистой силы. Вторая часть — «мара» (или «морок») — в славянской мифологии означает призрак, наваждение, злой дух. Таким образом, Шишимара могло быть сложным прозвищем-оберегом, означающим что-то вроде «злой дух» или «лихой человек». Такие прозвища давали в народе, чтобы отпугнуть настоящую нечисть или, наоборот, с иронией наградить человека с буйным или скрытным нравом.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза выводит основу из тюркских языков, где корень «шиш» может означать «опухоль», «шишка» или «нарост». В этом случае прозвище могло относиться к внешности предка. Однако славянская этимология выглядит более правдоподобной, учитывая типичную для русских фамилий модель образования сложных прозвищ (ср. Шишков, Шишаков, Морозов).

Фамилия Шишимарин — редкая. Она почти не встречается в центральных губерниях России, а её очаги, по данным исторических записей, тяготеют к южным и юго-восточным регионам, где были сильны диалектные говоры с активным употреблением слова «шиш». При этом суффикс -ин вместо более распространённого -ов (как в фамилии Шишимаров) — дополнительная деталь, указывающая на то, что прозвище оканчивалось на гласный или мягкий согласный, что характерно для прозвищ, а не календарных имён.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — свободным земледельцам на южных рубежах. В дворянских родословных книгах Шишимарины не значатся, что подтверждает народное, а не служилое происхождение.

Коротко: фамилия Шишимарин образована от прозвища Шишимара, которое, вероятнее всего, означало «лихой человек» или «бродяга» (от «шиш» и «мара»), и принадлежит к древнему пласту русских некалендарных прозвищ, сохранившихся в диалектах.