Прозвище Шишка указывает не только на род занятий (собирание шишек) или физические недостатки (наросты на теле). Возможно также происхождение от нецерковного имени Шишка, часто встречающегося от конца XVI века. Не исключена также возможность происхождения русской фамилии Шишка от единой основы şyş («шыш»), что в переводе с крымско-татарского означает «опухоль». Восточное происхождение фамилии Шишка подтверждается и характером их фамильного герба, основными элементами которого являются два полумесяца, между которыми изображен меч острием вниз с переломленным эфесом.