Фамилия Шишканева — женская форма, мужской вариант — Шишканев. Эта фамилия звучит редко, и её разбор сразу ставит вопрос: что за основа «шишкан»? В русской ономастике слово «шишкан» фиксируется в двух значениях. Первое — диалектное, распространённое в южнорусских и украинских говорах: «шишкан» — это заяц-самец или вообще заяц. Второе значение — «шишкарь», то есть человек, который собирает шишки (кедровые, еловые) на продажу или для промысла. Оба значения могли лечь в основу прозвища.

Словообразовательная модель простая: к основе «Шишкан» добавили суффикс -ев, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Шишкана). То есть Шишканев — потомок человека по прозвищу Шишкан. Фамилия образована по той же схеме, что и, например, Козлов — от Козёл, или Зайцев — от Заяц, только исходное прозвище здесь не такое ходовое.

Географически фамилия Шишканева встречается в основном в центральной России и в Поволжье, но нигде не образует больших гнёзд. Это скорее редкая, локальная фамилия. Если предок был прозван Шишканом за сходство с зайцем (например, за пугливость или быстрые ноги), то это типичное для русских фамилий «животное» прозвище. Если же прозвище пошло от промысла, то носитель мог быть крестьянином, промышлявшим сбором орехов или шишек в лесу — занятие сезонное, но в таёжных местах дававшее неплохой приработок.

В словарях фамилия не описана подробно, но по аналогии с однокоренными (Шишков, Шишанов) можно уверенно говорить, что она не дворянская, а крестьянская или мещанская. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шишка́нева, хотя в разговорной речи возможны варианты. Для тех, кто носит эту фамилию, интересно будет проверить местные архивы: если в роду были выходцы из Воронежской или Рязанской губерний, то версия про зайца становится основной — именно там слово «шишкан» в этом значении было в ходу.