Фамилия Шишканов образована от прозвища Шишкан. Оно ведет свое начало от нарицательного «шишка». Возможно, такое прозвище получил человек, занимающий высокий государственный пост, вельможа. Соответственно, прозвище Шишкан указывало как на социальное положение, так и на род занятий основателя фамилии. Согласно другой гипотезе, прозвище Шишкан дали человеку, который занимался собиранием шишек. Как известно, шишки некоторых растений используются в лекарственных целях, поэтому предок мог быть и лекарем. Не исключено, что в основу прозвища легло слово «шишка» в значении «нарост на теле». В данном случае, надеясь иметь здорового и красивого мальчика, родители назвали его Шишканом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишкан, со временем получил фамилию Шишканов.