Фамилия Шишкинка — редкий случай, когда перед нами не просто фамилия, а, скорее всего, фамилия-топоним, застывшая в родительном падеже. В отличие от привычных Шишкин или Шишков, форма на «-ка» указывает на происхождение от названия места: «из Шишкинки», «уроженец Шишкинки». Такой тип фамилий характерен для крестьян, переселявшихся из одной деревни в другую, или для людей, получивших прозвище по месту жительства, которое со временем закрепилось как родовое имя.

Основа фамилии восходит к прозвищу Шишка. В древнерусском языке это слово имело широкий спектр значений: от прямого — «нарост на дереве» до переносного — «важный, видный человек» (шишка на ровном месте). Однако в основе названия деревни Шишкинка, скорее всего, лежит фамилия первопоселенца Шишка или его сына Шишкин, а суффикс «-к-а» обозначал принадлежность к роду: «деревня, принадлежащая Шишкиным». Таким образом, носитель фамилии Шишкинка — это человек, чьи предки либо жили в населённом пункте с таким названием, либо сами были выходцами из семьи Шишкиных, но их прозвище оформилось по местному, а не по отцовскому принципу.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены ойконимы с окончанием «-инка»: это преимущественно центральные области России — Тверская, Ярославская, Московская. В этих местах множество деревень с названием Шишкинка, Шишкино и Шишково. Сама модель образования фамилии (от названия деревни через суффикс «-к-а») встречается нечасто и обычно указывает на сравнительно позднее закрепление фамилии — в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по месту рождения или приписки.

Словообразовательно фамилия уникальна: суффикс «-к-а» в русских фамилиях почти не встречается в качестве родового окончания (обычная форма — Шишкин). Исключение составляют украинские и белорусские фамилии (Шишко, Шишка), но здесь мы имеем дело с чисто русской моделью: основа Шишкин- плюс уменьшительный или посессивный суффикс. Это может говорить о том, что фамилия возникла не в боярской или дворянской среде, а в крестьянской, где фамилии часто образовывались от названий мелких хуторов и выселков.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, — государственные или помещичьи крестьяне. Встретить Шишкинку среди дворянских родов практически невозможно: форма на «-ка» для русского дворянства нетипична и звучала бы пренебрежительно. Это ещё одно подтверждение народного, «низового» происхождения фамилии.