Фамилия Шишкоедова образована от прозвища Шишкоед — так в старину могли называть человека, который промышлял сбором сосновых или еловых шишек. Дело это было не забавой: из семян шишек — кедровых орешков, семян сосны или ели — добывали масло, использовали их в голодные годы как добавку к пище. Прозвище могли дать либо любителю такого лакомства, либо тому, кто торговал шишками на рынке.

Разберём словообразовательную модель. Основа «шишк-» указывает на шишку, суффикс «-ед» — на того, кто ест или употребляет что-то в пищу. Подобные фамилии с корнем, обозначающим еду или способ её добычи, встречаются, но нечасто. Суффикс «-ов» в окончании указывает на принадлежность: Шишкоедов — буквально «сын Шишкоеда». Фамилия относится к типичным русским патронимическим фамилиям, закрепившимся в XVI–XVII веках.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и северных областях России, где сосновые и еловые леса — обычный ландшафт. В южных степных регионах она почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её «лесное» происхождение. В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, подобные прозвища разбираются в разделе о «профессиональных» и «бытовых» именованиях, хотя Шишкоед там не упомянут отдельно — это говорит о его локальности.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шишкоедом» могли в шутку называть медведя, который разоряет муравейники и лакомится шишками. Не исключено, что прозвище сначала закрепилось за человеком с медвежьей повадкой или внешностью, а уже потом перешло в фамилию. Но основная версия — всё же связь с реальным занятием, а не с тотемным животным.

Сословной принадлежности у фамилии нет — Шишкоедовы могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми. В архивных записях XVII–XVIII веков носители фамилии не отмечены как дворяне или купцы первой гильдии, что говорит о её простонародных корнях. Сегодня фамилия остаётся редкой, но не исчезла — её можно встретить в современных телефонных справочниках и базах данных.