Фамилия Шкандыбина — женская форма, а мужская — Шкандыбин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкандыба. Слово «шкандыбать» в русских говорах означает «хромать, прихрамывать, идти с трудом, волоча ногу». Соответственно, Шкандыбой называли хромого человека, того, кто приволакивал ногу. Прозвища по физическим особенностям — один из древнейших и самых распространённых пластов русских фамилий, и Шкандыбин встаёт в один ряд с Хромовым, Косолаповым, Шепелёвым.

Модель образования проста и прозрачна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкандыбин — «сын Шкандыбы» или «человек из рода Шкандыбы». Это типичная «патронимическая» модель, самая массовая в северной и центральной России. Фамилия однозначно русская, искать в ней иноязычные корни нет оснований, хотя диалектное слово могло иметь и более узкое, местное значение.

Менее вероятна, но возможна связь с южнославянскими языками, где похожие корни означают «быстрый, резвый» — но в русском контексте эта версия не работает, так как фамилия зафиксирована именно в тех регионах, где «шкандыбать» в значении «хромать» — обычное диалектное слово (например, в курских, орловских, рязанских говорах). Спор здесь решается просто: фамилия бытует на территории бытования диалекта, а не в отрыве от него.

В документах фамилия встречается с XVII века, среди крестьян и посадских людей. В списках однодворцев (особого сословия южных окраин) Шкандыбины попадаются часто — это подтверждает диалектную привязку к южнорусским говорам. Никакого отношения к дворянству или духовенству фамилия не имела: это прозвище по внешнему признаку, данное в крестьянской или ремесленной среде.