Фамилия Шкарапоров — редкий случай, когда основа, скорее всего, не имеет прямого отношения к русскому языку, а попала в него через тюркское посредничество. Образована она по стандартной восточнославянской модели: к основе Шкарапор добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шкарапора). Ударение, вероятнее всего, падает на последний слог: Шкарапо́ров.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского прозвища, восходящего к словам «ышкыр» (свистеть) или «шыкырув» (созывать, призывать). В тюркских языках есть слово «шыкырык» (свисток, зов) и глагол «шыкыру» (свистеть, подзывать свистом). Прозвище Шкарапор (в диалектном произношении) мог получить человек, который подавал сигналы свистом, созывал людей, пастух, подзывающий скот, или обладатель пронзительного, свистящего голоса. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским словом «шкар» (дранка, щепка, шкура) или с глаголом «шкрябать» (скрести, царапать), но тогда форма фамилии была бы иной (Шкаров, Шкрябов).

География фамилии очень узкая. Шкарапоровы — типичная донская и кубанская фамилия, распространённая в казачьих областях. Именно в среде донских и кубанских казаков, активно контактировавших с тюркскими народами (ногайцами, татарами, турками), было много прозвищ тюркского происхождения, которые затем закреплялись в качестве фамилий. Если вы встретили Шкарапорова, с высокой вероятностью его корни ведут в казачьи станицы.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту версию. В тех же регионах встречаются фамилии Шкарупа, Шкарупин, Шкарупов — все они, по мнению исследователей, восходят к тому же тюркскому корню со значением «свист, зов». Таким образом, фамилия Шкарапоров — это не про «шкуру» и не про «карапуза», а про звуковой сигнал в степи, про человека, чей голос или свист был слышен издалека.