Фамилия Шкардун — редкая и звучная, её происхождение напрямую связано с прозвищем, а не с крестильным именем. Основа — слово «шкарда» или «шкардун», которое в южнорусских и украинских говорах означало нечто ветхое, старьё, хлам, а также могло относиться к неопрятному, неряшливому человеку. В некоторых диалектах «шкардун» — это ещё и скряга, тот, кто держится за старые вещи. Таким образом, фамилия образована по модели «прозвище → фамилия» без дополнительного суффикса, что характерно для украинской и белорусской ономастики, где прозвища на -ун нередко становились родовыми именами.

В отличие от распространённых русских фамилий на -ов/-ев, Шкардун не оформлен патронимическим суффиксом, и это сразу указывает на его южное или западнорусское происхождение. Аналогичные модели — Глазун, Болтун, Скалозуб. Фамилия могла закрепиться за человеком, который занимался скупкой и продажей старой одежды (старьёвщик) или просто имел привычку ничего не выбрасывать. Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с диалектным «шкардати» — скрести, царапать, что могло относиться к ремеслу, например, кожевенному делу (скобление шкур).

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниям, а также встречается у казаков Кубани. В дореволюционных метрических книгах Шкардуны записаны преимущественно среди мещан и крестьян, что говорит о недворянском происхождении. В советское время фамилия не получила широкого распространения, оставаясь локальной и малочисленной.

Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Шкарду́н, что типично для украинских прозвищных фамилий. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их корни в среде ремесленников или торговцев, связанных с вторичным использованием вещей, — это и есть та бытовая деталь, которая отличает Шкардунов от более «именитых» родов.