Фамилия Шкарупилова — женская форма от Шкарупилов, и её происхождение неочевидно даже для подготовленного читателя. В основе лежит слово «шкаруп» или «шкарупа», которое в южнорусских и украинских говорах означало «чешуйка», «струп», «корочка», «шелуха» или «заусенец». Прозвище Шкаруп могли дать человеку с неровной, шелушащейся кожей, с мозолями на руках или, в переносном смысле, — придирчивому, дотошному, «цепляющемуся» к мелочам, как заусенец. В украинском языке есть и глагол «шкарубнути» — зачерстветь, покрыться коркой, что тоже могло относиться к внешности или характеру.

Модель образования фамилии — суффикс -ов (в женском варианте -ова), который в восточнославянской традиции крепился к основе прозвища. Суффикс -ил- в слове «Шкарупилов» — редкий и спорный. Вероятнее всего, это не отдельный фамильный суффикс, а часть основы: «шкарупа» дала прилагательное «шкарупилый» (покрытый коркой, шершавый), от которого уже и пошла фамилия. Такое слово действительно фиксируется в диалектах: «шкарупилый» — шероховатый, обветренный. То есть Шкарупилов — это буквально «сын шкарупилого», человека с такой внешностью или характером.

Географически фамилия тяготеет к югу России, особенно к Ростовской области, Краснодарскому краю и бывшей Области Войска Донского. Встречается она и на Украине, где корень «шкаруб-» более распространён. В метрических книгах XIX века Шкарупиловы — преимущественно казаки и крестьяне, редко мещане. Дворянских родов с такой фамилией нет, что косвенно подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.

Есть и альтернативная, менее убедительная версия: от тюркского слова «шкара» (пятно, рубец) через диалектное посредничество. Но она не объясняет суффикс -ил-, который хорошо ложится на славянскую модель «шкарупа — шкарупилый». Поэтому основная версия — чисто славянская, диалектная, и фамилия эта — яркий пример того, как прозвище по внешней примете или свойству характера закрепилось в родовом имени.