Скорее всего, в его основе лежит литовский глагол skelti - «раскалывать, колоть», «высекать (огонь)», «жарить, дуть, шпарить» или родственный ему литовский šķelt - «колоть; раскалывать; расщеплять». Так, основатель рода Шкель мог быть лесорубом, кузнецом или кашеваром. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Шкель происходит от арабского слова «шхель» - «сколько». Возможно, так могли называть торговца. Например, только у евреев можно было встретить такие фамилии, как Вейценбаум, что в переводе с немецкого означало «пшеничное дерево», Зауэрштром – «кислый поток», Левенфиш – «рыба-лев», Цигенбаум – «козье дерево», Квечман – «высказываться неохотно».