Фамилия Шкиленко — характерный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. В буквальном смысле она означает «маленький Шкила» или «сын Шкилы»: суффикс -енко в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин, и исторически указывал на потомка человека по имени или прозвищу.

Основа фамилии — слово «шкила». В украинских и южнорусских говорах «шкила» (или «шкеля») имела несколько значений. Самое распространённое — «щель», «трещина», «расселина». Прозвище Шкила могли дать человеку с узкими глазами, худощавому, либо тому, кто жил в овраге или ущелье. Однако есть и вторая версия: в западных областях Украины «шкила» означала «обрывок», «лоскут», а также «небольшая копна сена». В таком случае прозвище могло относиться к крестьянину, занимавшемуся сенокосом, или к портному, работавшему с обрезками ткани.

Фамилия Шкиленко распространена прежде всего в центральной и восточной Украине, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России она встречается реже, чаще всего у потомков переселенцев с Украины. Интересно, что в документах XVIII–XIX веков можно встретить варианты написания «Шкеленко» или «Шкилинко» — это следы местных говоров, где гласные звуки произносились по-разному.

Словообразовательная модель фамилии говорит о том, что её носители в большинстве своём происходили из крестьянской или казацкой среды. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение или владение землёй, фамилии на -енко в украинской традиции были массовыми и демократичными: их носили все сословия, включая реестровых казаков. По сути, Шкиленко — это фамилия-отчество, которая закрепилась за родом через прозвище основателя.