Фамилия Шкилова — женская форма, мужской вариант — Шкилов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкил, которое в русских говорах имело несколько значений. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «шкилить» — щурить глаза, прищуриваться, глядеть исподлобья. Шкилой могли прозвать человека с прищуренным взглядом, подслеповатого или того, кто имел привычку щуриться.

Другая версия отсылает к диалектному слову «шкиль» — так в некоторых областях называли плохого, нерадивого работника или негодного человека. В этом случае фамилия образована от прозвища, которое давали ленивому или неспособному к труду крестьянину. Третья, менее распространённая гипотеза связывает основу с украинским или белорусским «шкил» — осколок, щепка, черепок. Такое прозвище мог получить человек маленького роста или хрупкого телосложения.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Шкил- добавили суффикс -ов (в женском роде -ова). Эта модель типична для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. Фамилия Шкилов/Шкилова фиксируется в основном в центральных и южных регионах России, реже — на Украине.

Поскольку фамилия редкая и недворянская, её носители в большинстве своём происходили из крестьянского или мещанского сословия. Прозвище Шкил могло закрепиться за родоначальником как бытовая характеристика, не связанная с профессией или социальным статусом. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается эпизодически, что говорит о её относительно небольшом распространении.