Шкилина — фамилия, в основе которой лежит не имя, а прозвище, и это сразу задаёт направление поиску. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкилина — дочь или жена человека по прозвищу Шкила. Вопрос только в том, что означало само слово «шкила» в русских говорах.

Здесь возможны два основных пути. Первый — диалектный. В северных и сибирских говорах «шкила», «шкилеть» связывали с чем-то тощим, болезненным, чахлым. Шкилой могли прозвать худого, слабосильного человека или того, кто постоянно жаловался на здоровье. Второй вариант — прозвище по занятию. В некоторых регионах «шкила» — это мелкий воришка, жулик, который промышляет по мелочам. Такое прозвище давали не с гордостью, а как констатацию факта: человек не гнушается украсть, но на крупное дело не способен.

Обычно в таких случаях выбирают одну версию, но здесь обе имеют равное право на жизнь. Слово «шкила» фиксируется в словаре Даля именно в обоих значениях — и как «хилый, тщедушный человек», и как «плут, мошенник». География тоже не проясняет: фамилия встречается и в Архангельской области, и на Урале, и в Поволжье — везде, где бытовали эти говоры.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа «шкил-» плюс суффикс -ин. Это типичная «посессивная» фамилия, каких в русском языке большинство. Интереснее другое: ударение в фамилии может падать как на первый слог (ШкИлина), так и на второй (ШкилИна). Первый вариант ближе к исходному прозвищу, второй — результат того, что фамилия «оторвалась» от корня и зажила самостоятельной жизнью.

Сравните с однокоренными фамилиями — Шкилёв, Шкиль. У них та же основа, но разные суффиксы. Шкилёв — более старая форма, типичная для южнорусских и украинских земель, где -ев указывает на твёрдую основу. Шкилина — северная или среднерусская модель, где основа на -а дала -ин. Так по суффиксу можно примерно определить, откуда пошёл род.

Сословная принадлежность у Шкилиных, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилии от прозвищ с отрицательным или сниженным значением редко встречаются у дворянства — те предпочитали брать фамилии по地名ам или по церковным именам. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Шкилины — это государственные крестьяне, реже — мастеровые на заводах.

Так что, если ваша фамилия Шкилина, предок ваш был либо человеком невысокого роста и хрупкого сложения, либо тем, кого в деревне считали мелким пройдохой. Ни то ни другое не делает фамилию «плохой» — прозвища давали по самой заметной черте, и она могла быть вполне нейтральной для своего времени.