Фамилия Шкилюк — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель «переплавила» польское или белорусское прозвище в типично западноукраинскую фамилию. Ключ к её пониманию — суффикс -ук, который в украинском языке обозначает «потомок» или «маленький» (сравните: коваль — ковальчук, то есть сын кузнеца). Таким образом, Шкилюк — это «сын Шкиля» или «потомок человека по прозвищу Шкиль».

Основа Шкиль- почти наверняка восходит к польскому слову szkil (или szkieł) — «стекло», «осколок стекла». В польских и белорусских говорах так могли назвать стекольщика, мастера по вставке окон, или, что вероятнее, человека с острым, «стеклянным» взглядом, либо же того, кто был худым, прозрачным на вид. В украинском языке слово «шкіль» (с ударением на и) означает «стекло» и встречается в диалектах, особенно на Волыни и в Галичине. Поэтому географически фамилия Шкилюк тяготеет к западу Украины — к Тернопольской, Ивано-Франковской, Львовской и Волынской областям, где и сегодня встречается чаще всего.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с румынским словом «schil» (косой, кривой) или с турецким «şişli» (опухший, вздутый), но эти гипотезы слабы: они не объясняют ни суффикса, ни ареала бытования фамилии. Гораздо проще предположить, что прозвище Шкиль (Шкель) дали человеку со стеклянным ремеслом или с соответствующей внешностью, а его дети уже стали Шкилюками.

В русских переписях фамилия могла искажаться до Шкелюк или Шкилюков — под влиянием стандартной русской модели на -ов. Но подлинная, народная форма сохранилась именно с суффиксом -ук, который в украинской ономастике служит маркером патронимичности, указывая на прямую связь с отцом-основателем рода.