Фамилия Шкильков — одна из тех, где основа настолько прозрачна, что сразу вызывает вопрос: а что или кто такой «шкиль»? Ответ лежит на поверхности: в южнорусских и украинских говорах шкилем называли шило. Слово это — вариант того же «шила», только с характерным южнославянским или диалектным переходом звуков. Соответственно, Шкильков — буквально «сын шкиля», то есть человека, связанного с шилом.

Прозвище Шкиль мог получить сапожник или портной, чей главный инструмент — шило. В ремесленной среде такие прозвища были естественны: человека называли по орудию труда, которое он не выпускал из рук. Но возможен и второй, менее очевидный смысл. В некоторых говорах «шкиль» означало худого, острого, пронырливого человека — того, кого в других местах назвали бы «Шилом». Тогда фамилия отражает не профессию, а характер: колкий, въедливый, не дающий себя в обиду.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Шкильков — «из рода Шкиля». Вариант написания с «ь» (Шкильков, не Шкилков) сохраняет мягкость корня и указывает на исконное произношение. Встречается фамилия преимущественно на юге России и в восточных областях Украины — там, где слово «шкиль» было в ходу. В центральных и северных регионах её носители, скорее всего, потомки переселенцев с юга.

В отличие от фамилий на -ин (типа Шкилькин), которые чаще встречаются в северной и северо-западной Руси, форма на -ов типична для основной территории России и Украины. Редкость фамилии объясняется не массовостью исходного прозвища: слово «шкиль» было локальным, не вытеснив общеупотребительное «шило». Поэтому Шкильковы — компактная группа родов, чьи предки жили в зоне южнорусских говоров и занимались, скорее всего, кожевенным или портняжным ремеслом.