Фамилия Шкиля — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «окаменевшая» форма, где исходное слово застыло в роли фамилии. Поэтому географически она тяготеет к западнорусским и украинским землям, где такие модели встречаются чаще, чем на севере или востоке.

Основа фамилии — прозвище Шкиля. Его значение связано с диалектным глаголом «шкилить» — щуриться, глядеть прищурясь, а также «подглядывать» или «плакать, хныкать». В украинском языке «шкиля» означает «щель», «узкое отверстие», а «шкилити» — щурить глаза. Таким образом, прозвище мог получить человек с узкими, прищуренными глазами, либо тот, кто имел привычку щуриться. Менее вероятна, но возможна связь с польским szklić (стеклить, делать гладким) — тогда прозвище могло относиться к стекольщику или человеку с «остекленевшим» взглядом.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -я в русских и украинских прозвищах часто придаёт экспрессивный, уменьшительно-пренебрежительный оттенок (ср. Гриша, Коля, но также Плакса, Кривляка). Шкиля — эмоционально окрашенное прозвище, которое закреплялось за конкретным человеком по внешнему признаку или поведению.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — её носителями были крестьяне, ремесленники или казаки. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища, что указывает на возможное южное или юго-западное происхождение. Сегодня фамилия встречается в основном в Беларуси, на западе Украины и в приграничных областях России, что подтверждает её западнорусские корни.

Ударение в фамилии плавающее: в русской среде чаще говорят Шки́ля (с ударением на первый слог), в украинской — Шкиля́ (на последний). Оба варианта допустимы, но первый ближе к исходному значению «щуриться», где ударение падает на корень.