Фамилия Шкирдонов — нечастый случай, когда основа прозвища почти прозрачна, но сразу уводит в конкретную бытовую сферу. В её центре лежит слово «шкирд» (или «шкерд»). В южнорусских и украинских говорах так называли скирду — плотно уложенную копну сена или соломы, продолговатой формы. Человек по прозвищу Шкирдон, скорее всего, имел отношение к укладке сена: либо был зажиточным крестьянином, владевшим большими запасами, либо работником, который этим занимался. Уменьшительный суффикс -он (как в словах «батон», «патрон») превратил нарицательное «шкирда» в личное прозвище, а затем фамильный суффикс -ов добавил значение принадлежности: «сын Шкирдона», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Интересно, что в некоторых диалектах «шкирдой» называли не только скирду, но и высокого, нескладного человека — по ассоциации с вытянутой формой копны. Поэтому не исключено, что прозвище дали не по роду занятий, а по внешности. Обе версии правдоподобны, но первая — ремесленная — встречается в русских фамилиях чаще, чем метафорическая.

Фамилия Шкирдонов географически привязана к югу России и востоку Украины: её следы находят в Воронежской, Ростовской областях, а также в бывших казачьих станицах. Это указывает на то, что носители фамилии были в основном крестьянами или казаками, а не дворянами: патронимическая модель на -ов типична для простонародья, а основа, связанная с сельским трудом, подтверждает это. Встречается и вариант Шкирдин — с другим суффиксом, но тем же корнем; он тоже образован от «шкирда», но по модели «чей?» (шкирдин сын), что ещё раз говорит о едином источнике.

Словообразовательная цепочка проста: шкирда → Шкирдон (прозвище) → Шкирдонов (сын Шкирдона). Фамилия недвусмысленно рассказывает о крестьянских корнях, и в этом её ценность — она сохраняет память о занятии, которое кормило семью на протяжении поколений.