Фамилия Шкиреевы — один из тех случаев, когда прозвище предка оказалось прочнее крестильного имени. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Шкирь, а корень уходит в диалектную лексику южнорусских и украинских говоров.

Слово «шкирь» в рязанских, курских и воронежских говорах означало «левша», «неловкий человек» или «кривой на один глаз» (от «шкирить» — щуриться, коситься). В украинском языке «шкирити» — скалиться, оголять зубы; отсюда же прозвище могло достаться человеку с недоброй усмешкой или привычкой щериться. Таким образом, первый носитель прозвища — скорее всего, либо левша, либо человек с заметным дефектом зрения, либо обладатель резкой ухмылки.

Фамилия образована по продуктивной модели: прозвище Шкирь + фамильный суффикс -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или шипящий. Форма Шкиреев (с двойным «е») встречается реже, но фиксируется в документах — это либо описка, либо влияние народной этимологии, когда фамилию осмысляли как «шкирный» (от «шкира» — шкура, кожа). В таком случае предок мог иметь отношение к выделке кож, но это менее вероятная версия, так как в этом случае ожидалась бы фамилия Шкирёв с ё.

География фамилии подтверждает южное происхождение. По данным переписей XIX века, Шкиреевы компактно проживали в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Это были преимущественно государственные крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. Встречается фамилия и в среде донских казаков, что неудивительно: прозвища по внешним признакам были там обычным делом.

С точки зрения словообразования, Шкиреевы стоят в одном ряду с фамилиями Щурины, Косовы, Кривцовы — все они описывают физическую особенность родоначальника. Отличает их только редкая основа: если «щура» или «кривца» знает каждый, то «шкиря» осталась в узких говорах, и потому фамилия не стала массовой.