Фамилия Шкиреева — женская форма, мужской вариант — Шкиреев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкирь. Такие имена в русской традиции могли давать по внешности или поведению, и здесь мы имеем дело с редкой диалектной лексикой.

Слово «шкирь» в русских говорах имеет несколько значений, и это как раз тот случай, когда этимология неочевидна. Скорее всего, корень связан с глаголом «шкирить» — в ряде говоров (например, вологодских, архангельских) это значит «смотреть искоса, щуриться» или «высматривать, шнырять». Отсюда Шкирь — человек с прищуром, либо, в переносном смысле, проныра, тот, кто всё высматривает. Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или белорусским «шкира» (шкура, кожа), тогда прозвище могло относиться к кожевнику или просто к человеку с грубой кожей, но для фамилии, бытующей в центральной России, это менее характерно.

Модель образования проста: суффикс -ев присоединён к основе Шкирь. Такая модель типична для прозвищных фамилий: Шкирь → Шкирев → Шкиреев (с наращением -е- для благозвучия). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, возникла в XV–XVII веках, когда прозвища активно закреплялись за родами.

Географически фамилия Шкиреев/Шкиреева встречается нечасто, но заметна в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Костромской губерниях. Встречается также в Поволжье, что может быть следствием миграций. Сравните с однокоренными фамилиями Шкирин, Шкиря, Шкирёв — они редки и указывают на локальное бытование слова.

Таким образом, предки современных Шкиреевых, скорее всего, получили фамилию по прозвищу своего родоначальника — человека с характерной манерой щуриться или, что вероятнее, сметливого и верткого. Точное значение утрачено вместе с диалектом, но ясно одно: фамилия не заезженная, а живая, с крестьянскими корнями.