Фамилия Шкирмина — женская форма от Шкирмин, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище Шкирма или Шкирман, которое звучит необычно для современного уха, но хорошо вписывается в старую русскую традицию прозваний по внешности или поведению.

Слово «шкирма» в юго-западных и центральных говорах имело значение «оборванец, человек в лохмотьях», а также «мелкий, худой, тщедушный» (от диалектного «шкирмать» — шататься, бродить, слоняться без дела). Человека, который ходил в рваной одежде или был невысоким и щуплым, могли прозвать Шкирмой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкирмин — сын или потомок Шкирмы. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме.

Версия о тюркском происхождении (от «шкир» — кривой, косой) менее вероятна: фамилия не встречается массово в регионах с сильным тюркским влиянием, а её звучание и морфология полностью укладываются в восточнославянскую модель. Географически Шкирмины чаще фиксируются в старых писцовых книгах Новгородской и Псковской земель, что косвенно подтверждает связь с севернорусской диалектной лексикой.

В XIX веке фамилия могла закрепиться за крестьянами или мещанами — прозвище неблагозвучное, и вряд ли его давали человеку высокого социального статуса. Как и многие «обидные» прозвища (Некрасов, Бессмертный), оно со временем потеряло первоначальный смысл и стало нейтральным родовым именем. В написании встречаются варианты Шкирменко (украинизированная форма) и Шкирмин, но Шкирмина — именно русская патронимическая фамилия с суффиксом -ин.