Фамилия Шкирмин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или согласный. В данном случае основой послужило прозвище Шкирма. Что оно могло означать, однозначно сказать сложно, но есть несколько правдоподобных версий.

Первая и самая вероятная отсылает к диалектному слову «шкирма» — так в южнорусских и украинских говорах называли кожу, шкуру, особенно снятую с животного. В этом случае прозвище Шкирма мог получить кожевник, скорняк или торговец кожами. Вторая версия ведет к глаголу «шкирмить» — в некоторых говорах он означал «резать, кроить, обдирать». Здесь прозвище могло закрепиться за портным или человеком с грубой, режущей манерой речи. Третья, менее распространенная гипотеза, связывает фамилию с тюркским корнем, где «шкир» могло означать «подлый, низкий», но это предположение слабо подтверждено документально.

Географически фамилия Шкирмин встречается преимущественно в южных регионах России и на Украине, что хорошо согласуется с диалектной природой основы. В дореволюционных списках и переписях носители фамилии чаще всего фиксировались среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, произошедших от прозвищ по ремеслу или внешнему признаку.

Интересная деталь: у фамилии Шкирмин есть однокоренные «собратья» — Шкирманов, Шкирмаков, а также более редкая Шкирменёв. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, что указывает на разные региональные варианты образования или разные ветви одного рода. Это говорит о том, что прозвище Шкирма было довольно живым и распространенным в народной среде, породив целое гнездо фамилий.