Фамилия Шкитилева — женская форма, мужской вариант — Шкитилев. Она относится к категории отфамильных образований с суффиксом -ев, который в русской ономастике типичен для фамилий, возникших от основ на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Шкитиль, прозвище или нецерковное имя.

Корень «шкит» — тёмный и редкий. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «шкитаться» или «скитаться», то есть бродить, странствовать, не иметь постоянного крова. В северных и сибирских говорах «шкит» могло означать бродягу, бездомного человека, а также того, кто уклоняется от работы или прячется. В этом случае Шкитиль — прозвище человека с беспокойным, кочевым образом жизни или, наоборот, того, кого так дразнили за нелюдимость.

Менее вероятна, но возможна связь с уменьшительной формой редкого имени или прозвища от «шкита» — так в некоторых областях называли скит, уединённое поселение старообрядцев. Тогда Шкитиль мог быть выходцем из скита или человеком, жившим в уединении. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -иль в прозвищах чаще образует названия лиц по действию (ходиль, бродиль), а не по месту.

Фамилия Шкитилев (и Шкитилева) — нетипичная для центральных областей России. Она встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает диалектное происхождение: именно в этих регионах фиксируется глагол «шкитаться». В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне — то есть лично свободные, но приписанные к общине.

По модели образования фамилия сходна с однокоренными Шкитин, Шкитов, но отличается редким суффиксом -иль, который придаёт прозвищу оттенок длительности или привычности действия. Шкитиль — не просто «тот, кто скитался однажды», а «тот, кто постоянно скитается, бродяга по натуре».