Фамилия Шкодкин образована от прозвища Шкодка. В русских говорах «шкода» — это озорник, проказник, а также убыток, вред. Слово заимствовано из польского или чешского (szkoda — «жаль, потеря»), но на русской почве оно быстро приобрело оттенок именно шалости, а не злого умысла. Поэтому Шкодкой в деревнях чаще называли не злодея, а бойкого, непоседливого ребёнка или взрослого, от которого постоянно жди какой-нибудь выходки.

Суффикс -ин указывает на типичную севернорусскую и центральнорусскую модель образования: Шкодка → Шкодкин, то есть «сын Шкодки». Если бы фамилия возникла на юге или в Белоруссии, скорее всего, мы бы увидели вариант Шкодченко, а у поляков — Шкодкевич. Географически Шкодкины чаще встречаются в Поволжье и на Урале, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись крестьяне из центральных губерний.

Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от мирских имён (типа Морозов, Жданов), прозвище Шкодка не было нейтральным. Оно несло оценку характера, причём скорее снисходительную. В крестьянской среде шалуна не ругали всерьёз — такое прозвище часто закреплялось за человеком и передавалось детям, теряя со временем первоначальный смысл и становясь просто фамильным знаком.

Встречается также редкий вариант с ударением на второй слог — Шкодки́н, но нормативным для русской орфоэпии считается ударение на первый слог: Шко́дкин. В документах XIX века можно найти написание через «а» — Шкадкин, что отражает характерное для некоторых говоров аканье.