Фамилия Шкодкина — женская форма фамилии Шкодкин, которая образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени через суффикс притяжательного прилагательного -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шкодкин — «чей?» — сын или потомок Шкодки. В основе лежит слово «шкода» — в русских говорах так называли шалость, проказу, а также убыток, вред. Соответственно, прозвище Шкодка могли дать человеку озорному, шаловливому, склонному к проказам, или же тому, кто причинял убытки — например, нерадивому работнику.

Слово «шкода» пришло в русский язык из польского (szkoda — «вред, убыток»), где оно, в свою очередь, восходит к древневерхненемецкому scado. В польском языке это слово закрепилось и в значении «жаль», но в русских диалектах оно обросло дополнительными смыслами. В некоторых регионах «шкодой» называли также проказливого ребёнка или животное, которое портит имущество. Таким образом, прозвище могло быть как нейтрально-бытовым, так и насмешливым.

Фамилия Шкодкин не входит в число старых дворянских родов, что типично для фамилий, образованных от прозвищ с ярко выраженной бытовой окраской. Она распространена в центральных и южных областях России, а также на Украине и в Белоруссии, что связано с ареалом польского влияния и диалектного употребления слова «шкода». Встречаются варианты написания с одной «д» — Шкокин, но это уже иная словообразовательная модель.

С точки зрения морфологии, фамилия Шкодкин стоит в одном ряду с такими однокоренными фамилиями, как Шкодов, Шкоденко, Шкодский. Форма на -ин характерна для фамилий, образованных от основ на -а/-я (Шкодка — Шкодкин), в то время как Шкодов — от основы на твёрдый согласный (Шкод). Таким образом, Шкодкина — фамилия с прозрачной этимологией, указывающая на прозвище предка, которое давалось не за род занятий или место жительства, а за характер или поведение.