Фамилия Шкодун — яркий пример того, как прозвище, данное за характер, закрепилось в родовом имени. Её основа — украинское или южнорусское слово «шкода», которое означает «вред», «убыток», «проказа». Соответственно, «шкодун» — это тот, кто проказничает, озорничает, наносит мелкий ущерб. В отличие от литературного русского «шалун», «шкодун» несёт более конкретный оттенок: человек, чьи шалости приводят к реальной, пусть и небольшой, порче вещей или досадным последствиям.

Модель образования здесь прозрачна и типична для восточнославянских фамилий: основа глагольного или именного происхождения плюс суффикс -ун. Суффикс -ун в русском и украинском языках активно формирует названия лиц по характерному действию или свойству: «ворчун», «молчун», «летун». «Шкодун» встаёт в этот же ряд. Фамилия закрепилась без дополнительного патронимического суффикса (-ов, -ин), что указывает на её относительно позднее оформление или на происхождение из среды, где фамилии давали в «чистом» виде — в частности, на Украине или в южных областях России. Сравните с однокоренными: Шкода (польская или украинская фамилия), Шкодников (русская, с суффиксом -ник), Шкоденко (украинская, с типичным окончанием).

Географически фамилия Шкодун наиболее плотно представлена на западе и юге Украины, а также в приграничных областях России — в Белгородской, Курской, Воронежской. Это зона активного взаимодействия украинского и русского языков, где слово «шкода» было в ходу у обеих сторон. Встречаются также носители в Беларуси, но реже.

Версии о происхождении от диалектного «шкода» в значении «жалость» (от польского szkoda) менее убедительны: хотя такое значение тоже существует, прозвище «жалостливый» — нехарактерный мотив для фамилии. Куда логичнее, что предок получил прозвище за своё поведение: либо был неугомонным ребёнком, либо взрослым, чьи поступки окружающие воспринимали как «шкоду» — мелкое вредительство или неуместные шутки. Сословного барьера фамилия не знала: «шкодуном» могли назвать и крестьянина, и казака, и мещанина.

В написании фамилия устойчива: Шкодун. Варианты с удвоенной согласной или через «а» (Шкадун) встречаются как ошибки, но не как историческая норма.