Фамилия Шкодунова — женская форма фамилии Шкодунов. Её основа — прозвище или мирское имя Шкодун. В русских говорах «шкода» означает убыток, вред, озорную проделку, а «шкодун» — это тот, кто шкодит: проказник, баловник, а иногда и вороватый человек. Так могли назвать не столько за злой умысел, сколько за живой, непоседливый нрав — особенно в детстве или юности. В северных и сибирских говорах слово «шкода» имело ещё значение «хитрый, плутоватый», так что прозвище могло закрепиться за человеком с острым умом и склонностью к авантюрам.

Модель образования типична для русских фамилий: основа на твёрдый согласный (шкодун) плюс суффикс -ов-, который указывал на принадлежность («чей?»). Буквально Шкодунов — сын Шкодуна. В документах XVI–XVII веков, когда фамилии только начинали закрепляться, такое прозвище не считалось оскорбительным: прозвищный фонд был богат, и «шкодун» могло стать внутрисемейным именем наряду с крестильным.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России. По данным переписей, Шкодуновы чаще встречались в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях — как раз там, где диалектное слово «шкода» было в ходу. Встречаются и варианты с другим суффиксом: Шкодин (от «шкода») или Шкодников (от «шкодник»), но Шкодунов — самая распространённая форма, в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она упоминается в ряду производных от прозвищ на -ун.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с украинским или белорусским словом «шкода» в значении «жаль» — тогда прозвище могло отражать привычку человека жалеть о потраченном. Однако для русской ономастики этот вариант второстепенен, так как фамилия явно сложилась в севернорусской среде, где «шкодун» — активная лексема.

Сословно Шкодуновы не принадлежали к знати. В ревизских сказках XVIII–XIX веков это в основном государственные крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах фамилия не значится, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.