Фамилия Шкребтий — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, лишь обрастая типичным украинским суффиксом. В ней сразу слышится действие: «шкребти» по-украински значит «скрести», «царапать», «чесать». Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо скребущим — например, тем, кто скребёт лён, чистит рыбу или шкуры, — либо въедливым, дотошным, «скребущим» по любому поводу. Вторая версия не менее вероятна: прозвище Шкребло (или Шкрiб) давали придирчивому, брюзгливому человеку, который «скребёт языком».

Модель образования проста и прозрачна: основа глагола «шкреб-» плюс суффикс -iй, характерный для украинских фамилий (сравните: Товстiй, Гнилiй, Мовчiй). Суффикс указывает на носителя признака или действия, то есть Шкребтiй — это «тот, кто скребёт». Окончание -ий в русской передаче превратилось в -ий, поэтому фамилия закрепилась как Шкребтий. По происхождению это типичная украинская фамилия, и её география — преимущественно западные и центральные области Украины, откуда носители могли расселиться по России и другим странам.

В отличие от более частых Шкребневых или Шкребовых (где суффикс -ев/-ов указывает на принадлежность отцу), Шкребтий — прямое прозвище, без патронимической приставки. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться раньше, чем массово вошли в обиход фамилии на -ов/-ев, или в среде, где патронимическая модель не была обязательной (например, у казаков или мещан). В сословном плане предки Шкребтиев скорее всего были ремесленниками или крестьянами, чья работа была связана с грубой ручной обработкой — скребением кож, дерева, льна.

Варианты написания встречаются редко, но возможны: Шкребтiй (с украинской i), Шкребтей (под влиянием русской акающей речи). В дореволюционных метриках фамилию могли записать на слух как «Шкребтый» или «Шкребтий», путая окончания. Однокоренные фамилии — Шкребень, Шкребун, Шкрiб — все они отсылают к тому же глаголу, но Шкребтий стоит особняком: он сохранил глагольную основу почти в чистом виде, без наращений.