Фамилия Шкрябенков — редкий случай, когда словообразовательная модель сразу подсказывает и регион, и возможное занятие предка. Основа здесь — не имя и не географическое название, а прозвище, причём звукоподражательное или гротескное.

Корень «шкряб-» восходит к глаголу «шкрябать» — просторечному варианту «скрести», «царапать». В диалектах так говорили о чём-то, что издаёт скрипучий, царапающий звук, или о человеке, который делает нечто с усилием, неловко, «скребёт». Прозвище Шкряба, Шкрябка могли дать либо тому, кто постоянно скрёб — например, писарю с плохим почерком, либо тому, кто работал с грубой поверхностью: плотнику, столяру, скорняку. Вторая версия — ироничное прозвище неуклюжего или скупого человека, который «скребёт» каждую копейку.

Суффикс «-енков» — характерный признак восточноукраинских и южнорусских фамилий (особенно Курской, Воронежской, Белгородской областей). Это патронимическая модель, означающая «сын Шкрябенка», где Шкрябенок — уменьшительная форма от Шкряба. То есть фамилия закрепилась в тех местах, где потомков называли по отцу с уменьшительным суффиксом, а затем оформили в стандартную русскую фамилию на -ов.

В отличие от более распространённых Шкрябиных (от той же основы, но с другим суффиксом) или Шкрябкиных, форма Шкрябенков почти не встречается в центральных и северных областях. Это узколокальная фамилия, скорее всего, возникшая в среде крестьян или однодворцев — свободных земледельцев на южных рубежах России. Никаких дворянских корней или связи с известными историческими родами у неё нет, что для такой модели нормально.

Исходное прозвище Шкряба не стоит путать с украинским «шкрябка» (царапина) или белорусским «шкраб» (скряга) — все эти значения близки и восходят к одному звуковому образу. Самая правдоподобная версия: предок носителя фамилии — человек, которого в деревне прозвали за манеру «шкрябать»: либо скрипучий голос, либо неаккуратная работа, либо привычка экономить. Фамилия не несёт негативного оттенка — в народной среде такие прозвища были обычным делом и не считались обидными.