Фамилия Шкваркина — женская форма фамилии Шкваркин, и её происхождение укладывается в типичную для восточнославянских фамилий модель: основа плюс притяжательный суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность, «чей?» — то есть Шкваркин буквально означало «сын Шкварки» или «человек из семьи Шкварки». Сама же основа, как правило, восходит к прозвищу или нецерковному имени Шкварка.

Слово «шкварка» в русских говорах — это вытопленный кусочек сала, шкурка. Прозвище Шкварка могли дать человеку по разным причинам: за смуглую или смугловатую кожу, за худобу («один шквар остался»), либо, напротив, за любовь к жирной пище или за профессию, связанную с вытапливанием сала. Встречается и ироничное употребление: так могли окрестить невысокого, юркого или «жаркого» в работе человека. В ономастике это прозвище фиксируется как минимум с XVI века: в новгородских писцовых книгах упоминается крестьянин Ивашко Шкварка (1495 год), а в более поздних документах — Шкваркины как землевладельцы в Костромском уезде.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в основном образовывались от полных или уменьшительных крестильных имён, фамилии на -ин чаще возникали от прозвищ или имён на -а/-я. Шкваркин здесь — типичный представитель «прозвищного» ряда, как, скажем, Кожин (от «кожа») или Сапожкин. Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России: наибольшая концентрация Шкваркиных — в Кировской, Костромской и Нижегородской областях. Встречается она и у украинцев, но реже: там слово «шкварка» звучит как «шкварки» (множественное число), и фамилия могла быть записана как Шкварченко.

Есть и менее вероятная, но лингвистически возможная версия: от диалектного глагола «шкваркать» — трещать, шипеть на огне, издавать резкий звук. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с громким голосом или вспыльчивым нравом. Однако связь с салом («шкварка») остаётся основной и подтверждается тем, что в русских говорах именно это значение — самое распространённое и древнее.