Фамилия Шкваркин образована от прозвища Шкварка, а её основа — не кулинарный термин, а звукоподражательное слово. В русских говорах «шкваркать» означало «шипеть, трещать, издавать резкий звук», а также «болтать без умолку, тараторить». Прозвище Шкварка могли дать человеку с громким, резким голосом или, наоборот, болтливому и суетливому. Менее вероятна связь с диалектным «шкварки» — вытопки сала, хотя и такое толкование возможно, если прозвище относилось к любителю шкварок или торговцу салом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкваркин — «сын или потомок Шкварки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и северных регионах, фамилии на -ин распространены повсеместно, но особенно характерны для южнорусских областей. Встречается Шкваркин в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, куда активно переселялись крестьяне в XVIII–XIX веках.

Родственными по основе являются фамилии Шкварков, Шкварцов, Шкварин, а также более редкие Шкварченко и Шкварчук, распространённые на Украине. Все они восходят к одному и тому же прозвищу, но различаются суффиксами, характерными для разных славянских традиций. Фамилия Шкваркин не относится к числу дворянских или старинных боярских — её носителями были в основном крестьяне и мещане. В дореволюционных переписях она фиксируется с конца XVIII века, например, в документах Воронежской и Симбирской губерний.

Таким образом, предки современного Шкваркина — скорее всего, люди из простонародья, получившие прозвище за особенность речи или поведения. Прямой связи с кулинарией нет, хотя в народной этимологии фамилию нередко объясняют через «шкварки» — это простое и запоминающееся толкование, но лингвистически менее обоснованное.