Фамилия Шлепкене образована от прозвища Шлепке. По одной из версий, оно восходит к немецкому глаголу schleppen - «тащить, тянуть; волочить», «тащить на буксире, буксировать», «сгребать волокушей», «растягивать слова, медленно выговаривать». Возможно, основатель рода Шлепкене занимался тяжелым физическим трудом, либо говорил медленно или нечетко. Согласно другой версии, эта фамилия происходит от литовского глагола šlepenti - «шлёпать». В этом случае прозвище Шлепке могло указывать на особенности походки человека.