Фамилия Шмыгарева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Шмыгарев, восходит к прозвищу Шмыгарь. В русских говорах «шмыгать» означало «быстро двигаться, сновать, суетиться» или «тереть, натирать». Соответственно, Шмыгарём могли назвать непоседливого, вертлявого человека, который постоянно мельтешит перед глазами, либо, наоборот, того, кто занимался натиркой, чисткой — например, полотёра. Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в некоторых диалектах «шмыгать» значило «красть, тайком уносить», что могло дать прозвище мелкому воришке.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: основа прозвища (Шмыгар-) плюс типичный фамильный суффикс принадлежности -ев (в женском варианте — -а). Суффикс указывает на то, что фамилия образована как отчество от прозвища отца: «чей? — Шмыгарев», то есть сын или дочь Шмыгаря.

Фамилия редкая и территориально привязана в основном к южнорусским и центральным областям — в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Шмыгарь в Рязанском и Тульском краях. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), форма на -ев говорит о том, что исходное прозвище заканчивалось на твёрдый согласный или -рь.

Стоит обратить внимание на ударение. В большинстве говоров фамилия произносится с ударением на второй слог: Шмыга́рев. Если ударение падает на первый слог (Шмы́гарев), это может указывать на украинское или белорусское влияние, где «шмыгати» — «шмыгать» — тоже известно, но с иной акцентной нормой. В любом случае, перед нами фамилия-прозвище, отражающая характер или род занятий предка, а не имя в крестильном календаре.