Фамилия Шоканбаева — яркий пример казахской родовой фамилии, которая почти не встречается за пределами Центральной Азии. Её основа — мужское личное имя Шоканбай, которое в тюркской традиции состоит из двух частей: «шокан» (вариант имени Шокан, восходящий к персидскому «шах» — царь, владыка) и «бай» (богатый, хозяин, уважаемый человек). Таким образом, имя Шоканбай означало «богатый, как шах» или «царственный хозяин». Фамилия образована по русской модели прибавления суффикса -ев к основе, что типично для русифицированных фамилий народов бывшего СССР: к имени отца (Шоканбай) добавили окончание -а, получив фамилию для женщины (Шоканбаева) или мужчины (Шоканбаев).

Географически фамилия привязана к Казахстану, особенно к южным и западным регионам, где распространены родовые имена с компонентом «бай». Носители фамилии, скорее всего, происходят из рода, где имя Шоканбай передавалось как личное имя предка. В казахской ономастике такие фамилии часто указывают не на профессию, а на родословную: предок был уважаемым человеком, возможно, аксакалом или зажиточным скотоводом.

Интересная деталь: вариант «Шокан» в казахской среде получил известность благодаря Шокану Валиханову — знаменитому учёному и путешественнику XIX века. Однако фамилия Шоканбаева не имеет к нему прямого отношения — это отдельная родовая линия. Встречаются также варианты написания через «о» и «а» (Шаканбаева), но литературная норма закрепила форму с «о». Поскольку фамилия редкая и локальная, её носители — почти исключительно казахи, и в документах она фиксируется с середины XX века, когда в Казахстане массово закреплялись фамилии по отчеству.