Фамилия Шоканова — женская форма, образованная от мужской Шоканов. Её основа — прозвище или дохристианское имя Шокан. В русской ономастике суффикс -ов указывает на принадлежность: Шоканов буквально значит «сын Шокана» или «из семьи Шокана». По модели образования это типичная патронимическая фамилия, каких большинство в России, но с редкой основой.

Корень шокан может восходить к тюркским языкам. В казахском, татарском, башкирском шокан — это «удар», «толчок» или «потрясение». Прозвище могли дать человеку резкому, вспыльчивому или, наоборот, тому, кто производил сильное впечатление. Есть и другая версия: в некоторых тюркских диалектах шокан — «сук» или «палка», тогда прозвище могло относиться к высокому и худому человеку. Оба варианта правдоподобны, но первая версия (по характеру) встречается в фамилиях чаще.

Спорный момент — возможная связь с именем Шокан, уменьшительным от Шох (персидское «шах») или от славянского Шок (звукоподражательное, от «шок»). Однако в русской среде имя Шокан не фиксируется как каноническое, поэтому тюркское происхождение надёжнее. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные основы не рассматриваются, но тюркские заимствования в Поволжье и Приуралье — распространённое явление.

Географически фамилия Шоканов (и Шоканова) тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, Западная Сибирь. Встречается и у казахов, но там чаще пишется как Шоканов (с ударением на первый слог) — в русской записи суффикс -ов добавился при оформлении фамилии по русскому образцу.

Сословно предки Шокановых могли быть крестьянами или казаками — в тюркоязычной среде прозвища переходили в фамилии позже, чем у дворян, часто уже в XIX веке при переписях. Фамилия не указывает на знатное происхождение, но сохраняет связь с прозвищем, которое давали по яркой черте — силе, росту или нраву.