Фамилия Шортаев явно тюркского происхождения, и её разбор стоит начать с основы — «шорта». В ряде тюркских языков, особенно в башкирском и казахском, слово «шорта» означает «невысокий», «короткий» или «низкорослый». Вполне вероятно, что прозвище Шорта дали человеку невысокого роста — это самая прямая и логичная версия. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских корней: Шортаев буквально значит «сын (или потомок) Шорты».

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным «шорт» — так в некоторых говорах называли вид мелкой рыбы (например, снетка или корюшку). Если прозвище дали рыбаку или торговцу рыбой, фамилия могла закрепиться в северных или приволжских регионах, где русские контактировали с тюркским населением. Однако эта гипотеза слабее: слово «шорт» в значении «рыба» не столь широко известно, и для фамилии Шортаев географическая привязка к тюркским регионам (Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан) выглядит убедительнее.

Интересная деталь — написание фамилии. Встречаются варианты Шортаев и Шортаевъ (дореформенный), но нет распространённой формы с «-ов» (Шортов), что говорит о том, что основа «Шорта» не была адаптирована под чисто русскую модель, а сохранила тюркское окончание на «-а». Такие фамилии (ср. Ахметов, Ибраев) часто указывают на недавнюю русификацию: предки носителя, скорее всего, говорили на тюркском языке и лишь в XIX–XX веках перешли в русскоязычную среду.

Сословная принадлежность Шортаевых, если нет документальных подтверждений, остаётся загадкой. Фамилия не княжеская и не дворянская — её носителями, вероятнее всего, были крестьяне, казаки или мещане из смешанных русско-тюркских поселений. В современных базах данных Шортаевы встречаются в Челябинской, Оренбургской областях и в Башкортостане, что подтверждает урало-приволжский след.