Фамилия Шпалютина — женская форма фамилии Шпалютин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией предка по мужской линии. Основа фамилии — слово «шпалюта», которое в русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, означало «шпала» — поперечный брус для железнодорожного полотна. Однако здесь есть нюанс: в отличие от привычной «шпалы», форма «шпалюта» могла быть диалектным вариантом или профессиональным жаргоном строителей и путейцев.

Вероятнее всего, прозвище Шпалюта получил человек, связанный с укладкой или изготовлением шпал: плотник, работник на железной дороге или лесоруб, заготавливающий брус. Менее распространённая, но возможная версия — ироничное прозвище высокого, худого и нескладного человека, которого в шутку сравнивали с длинной и прямой шпалой. В пользу этой гипотезы говорит то, что русские фамилии нередко образовывались от бытовых метафор внешности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шпалютин — «сын Шпалюты». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Встречается фамилия редко, её география тяготеет к регионам, где активно развивалось железнодорожное строительство в XIX веке, — например, к Архангельской, Вологодской или Пермской губерниям, а также к Сибири. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) «шпалюта» как самостоятельное слово не фиксируется, что подтверждает её узкодиалектный или профессиональный характер.

Интересно, что фамилия Шпалютин не имеет отношения к немецкому «Spiel» (игра) или другим иноязычным корням — это чисто русское образование от конкретного ремесленного термина, что делает её показательным примером «фамилии-профессии» из эпохи индустриализации.