Фамилия Шпиговский образована от прозвища или географического названия с помощью типичного для польской и западнорусской традиции суффикса -ский. Эта модель указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но не обязательно: в XIX веке такие фамилии могли получить и выходцы из духовенства, и крестьяне после отмены крепостного права, бравшие фамилию по названию села или местечка.

Основа — Шпиг. В польском языке szpik означает «костный мозг», а szpieg — «шпион, лазутчик». В украинских и белорусских говорах «шпиг» — это шпик, кусок сала, а также прозвище толстого или запасливого человека. Встречается и фамилия Шпиг, от которой с помощью притяжательного суффикса -ов-/-ев- образованы Шпигов и Шпигев, а Шпиговский — уже «выходец из владений Шпига» или «житель Шпигова». То есть возможны два пути: либо предок получил прозвище Шпиг (по профессии — шпион, или по внешности — упитанный человек), либо фамилия ведёт начало от названия населённого пункта вроде Шпигово или Шпиговка.

Такие топонимы реально существовали на территории бывшей Речи Посполитой — в современной Беларуси и на западе Украины. Например, деревня Шпиговка есть в Винницкой области. Если предок был шляхтичем, он мог владеть землёй в таком месте и получить фамилию по названию имения. Если крестьянином — фамилию дали по месту жительства при переписи.

Сравнение с однокоренными фамилиями Шпигун, Шпиганович, Шпигарь показывает, что корень «шпиг» в восточнославянской ономастике не редкость, но Шпиговский — один из немногих вариантов с суффиксом -ский, что подчёркивает его возможную связь с географией, а не только с прозвищем. В дореволюционных списках эта фамилия встречается преимущественно в губерниях, граничащих с Польшей и Австро-Венгрией — Волынской, Подольской, Киевской.